Error java.io.EOFException when reading from file

Instead of writing to the file field by field you could serialize the entire object. Now as you need a list of Ships, you could use a ArrayList<Barco> to enter all the ships. The idea is to have the list in memory and when the program finishes, the changes are saved. This is how you serialize% complete% of%:

Class Main

import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.io.ObjectInputStream;
import java.io.ObjectOutputStream;
import java.util.ArrayList;
import javax.swing.JOptionPane;

public class Main {

    private final String FILENAME = "Barcos.dat";
    private ArrayList<Barco> barcos;

    public Main() throws Exception {

        if (!cargarBarcos()) {
            barcos = new ArrayList<>();
        }

        String[] opciones = new String[]{
            "Registrar",
            "Buscar",
            "consultavector",
            "Salir"
        };

        while (seleccionarAccion(
                JOptionPane.showOptionDialog(
                        null,
                        "Elegir opcion ",
                        "Barcos",
                        JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
                        JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
                        null,
                        opciones,
                        null)));
        guardarBarcos();
    }

    private boolean seleccionarAccion(int opc) throws IOException {
        switch (opc) {
            case 0:
                RegistrarBarco();
                break;
            case 1:
                buscaClave();
                break;
            case 2:
                ConsultarVector();
                break;
            case 3:
                return false;
        }
        return true;
    }

    public void RegistrarBarco() {
        Barco b = new Barco();

        while (true) {
            try {
                b.setClave(Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("Teclea la clave del barco:")));
                b.setNombre(JOptionPane.showInputDialog("Teclea el nombre del barco:"));
                b.setPaisAdquisicion(JOptionPane.showInputDialog("Teclea el pais de adquisicion del barco:"));
                b.setFechaAdquisicion(JOptionPane.showInputDialog("Teclea la fecha de adquisicion del barco:"));
                b.setPeso(Float.parseFloat(JOptionPane.showInputDialog("Teclea el Peso del barco:")));
                barcos.add(b);
                break;
            } catch (NumberFormatException e) {
                mError(null, "Has intentado meter un caracter no válido");
            }
        }
    }

    public void buscaClave() {
        Barco b = new Barco(Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("Teclea la clave:")));
        int clave = barcos.indexOf(b);

        if (clave > -1) {
            mInfo("Si se encontro el barco", barcos.get(clave).toStringFull());
        } else {
            mSimple("No se encontro el barco");
        }
    }

    public void ConsultarVector() {
        mSimple("Reporte de los barcos registrados");

        for (Barco b : barcos) {
            mInfo("Informacion de Barco", b.toStringFull());
        }
    }

    void guardarBarcos() {
        try (ObjectOutputStream oos = new ObjectOutputStream(new FileOutputStream(FILENAME))) {
            oos.writeObject(barcos);
            oos.flush();
        } catch (IOException ex) {
            mError("Error al guardar", "No se ha podido guardar correctamente.");
        }
    }

    private boolean cargarBarcos() {
        try (ObjectInputStream oos = new ObjectInputStream(new FileInputStream(FILENAME))) {
            barcos = (ArrayList<Barco>) oos.readObject();
            return true;
        } catch (IOException ex) {
            mError("Error al cargar", "No se ha podido cargar correctamente.");
        } catch (ClassNotFoundException | ClassCastException ex) {
            mError("Error al cargar", "No se ha encontrado la clase o el archivo es incompatible.");
        }
        return false;
    }

    void mError(String titulo, String mensaje) {
        if (titulo == null) {
            titulo = "Error";
        }

        JOptionPane.showMessageDialog(null, mensaje, titulo, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
    }

    void mSimple(String s) {
        JOptionPane.showMessageDialog(null, s);
    }

    void mInfo(String titulo, String mensaje) {
        JOptionPane.showMessageDialog(null, mensaje, titulo, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
    }

    public static void main(String[] args) throws Exception {
        Main arc = new Main();
    }
}

Boat Class

import java.io.Serializable;

class Barco implements Serializable {

    private static final long serialVersionUID = 1L;

    private int clave;
    private String nombre;
    private String paisAdq;
    private String fechaAdq;
    private float peso;

    public Barco() {
    }

    public Barco(int clave) {
        this.clave = clave;
    }

    void setClave(int clave) {
        this.clave = clave;
    }

    void setNombre(String nombre) {
        this.nombre = nombre;
    }

    void setPaisAdquisicion(String pais) {
        this.paisAdq = pais;
    }

    void setFechaAdquisicion(String fecha) {
        this.fechaAdq = fecha;
    }

    void setPeso(float peso) {
        this.peso = peso;
    }

    int getClave() {
        return clave;
    }

    String getNombre() {
        return nombre;
    }

    String getPaisAdquisicion() {
        return paisAdq;
    }

    String getFechaAdquisicion() {
        return fechaAdq;
    }

    float getPeso() {
        return peso;
    }

    @Override
    public String toString() {
        return "Id: " + clave
                + "\tNombre: " + nombre;
    }

    public String toStringFull() {
        return "Id: " + clave
                + "\nNombre: " + nombre
                + "\nPais: " + paisAdq
                + "\nFecha: " + fechaAdq
                + "\nPeso: " + peso;
    }

    @Override
    public boolean equals(Object obj) {
        if (obj instanceof Barco) {
            return ((Barco) obj).clave == this.clave;
        } else {
            return this == obj;
        }
    }
}

There are some things that are not all right, you should improve them. I just left them like this to adapt the example.