Validate existing user

I would follow the PHP manual and change certain things, like mysqli_execute ($ result_entry) by mysqli_stmt_execute ($ result_entry) since that alias is obsolete and if you update PHP, that line would be useless, check it here . I would also use mysqli_stmt_num_rows ($ result_entry) instead of mysqli_num_rows ($ result_entry) and before this mysqli_stmt_store_result ($ result_entry) manual mysqli_stmt_num_rows

I hope that helps.

From what I see, you need a login validation, I hope you use the one I use // Credentials Form

    <form action="php/comprobar.php" method="POST" enctype="multipart/form-data">
      <div class="modal-body">
        <div id="div-login-msg">
           <div id="icon-login-msg" class="glyphicon glyphicon-chevron-right"></div>
           <span id="text-login-msg">Ingrese Sus Datos de Acceso</span>
        </div>
            <input id="usuario_nombre" name="usuario_nombre" class="form-control" type="number" placeholder="Numero de Empleado" required><br>
            <input id="usuario_clave" name="usuario_clave" class="form-control" type="password" placeholder="Apellido Paterno" required>
          <div class="checkbox">
             <label>
                 <input type="checkbox"> Recordar
             </label>
          </div>
      </div>
        <div class="modal-footer">
          <div>
            <input type="submit" class="btn btn-primary btn-lg btn-block" name="ingresar" value="Ingresar">
          </div>
        </div>
    </form>

Validation File

<?php

        session_start();
        include('conexion.php');
        if(isset($_POST['ingresar']))
           {
              if(empty($_POST['usuario_nombre']) || empty($_POST['usuario_clave']))
              {
                  echo "El usuario o la contraseña no han sido ingresados. <a href='javascript:history.back();'>Reintentar</a>";
              }
            else
            {
                  $usuario_nombre = mysqli_real_escape_string($cn,$_POST['usuario_nombre']);
                  $usuario_clave = mysqli_real_escape_string($cn,$_POST['usuario_clave']);
                  $usuario_nombre= md5($usuario_nombre); //En esta parte Encripto los datos de Acceso
                  $usuario_clave = md5($usuario_clave);
                  $sqlprofesor = mysqli_query($cn,"SELECT usuario_id, usuario_numero, usuario_apellido FROM usuarios WHERE usuario_numero='".$usuario_nombre."' AND usuario_apellido='".$usuario_clave."'");
                  if($row = mysqli_fetch_array($sqlprofesor))
                  {
                  $_SESSION['admin'] = $row['usuario_id'];
                  $_SESSION['admin'] = $row["usuario_numero"];
                  $_SESSION['last_login_timestamp'] = time();
                  $usuario=$row["usuario_numero"];
                  echo "<script> alert('Acceso Correcto');window.location.href = '../admin'</script>";
              }
                else
                    {
                echo "<script> alert(' Error Reintentar');window.location.href = '../index.php'</script>";
                }
          }
        }
        else
          {
              echo "<script> alert(' Error Reintentar');</script>";
            header("Location: ../index.php");
        }
    ?>

To validate each of the Forms

<?php
include("../php/conexion.php");
session_start();
 if(isset($_SESSION['admin'])) {
   if (!isset($_SESSION["admin"]) || $_SESSION["admin"] == "") {
 redirect("../php/logout.php");
 }
?>

In this part, your code if the user entered correctly

 <?php 
  }else {
  header("Location: ../index.php");
  }
  ?>

Try with $verificacion_entrar = $resultado_entrar->num_rows(); instead of $verificacion_entrar=mysqli_num_rows($resultado_entrar); Before you also do this: $resultado_entrar->bind-param("ss".... and then $resultado_entrar->execute()

Use the mysqli object

<?php

    session_start();

    $db_conexion="localhost";
    $db_usuario="root";
    $db_pass="";
    $db_nombre="ciclos";

    // Crea conexion.
    $conexion= new mysqli($db_conexion, $db_usuario, $db_pass, $db_nombre);

    // Checkear conexion.
    if($conexion->connect_error) {
        die("Error de conexión: " . $conexion->connect_error);
    }
?>

<?php

    require_once("conexion_bd.php");

    //Validar usuario con mysqli procedural
    if(isset($_POST["entrar"])){

        $_SESSION["usuario"]=$_POST["usuario_entrar"];
        $_SESSION["contra"]=$_POST["contra_entrar"];

        $usuario_entrar=$_SESSION["usuario"];
        $contra_entrar=$_SESSION["contra"];

        if($usuario_entrar=="" || $contra_entrar=="") { 

                echo("<script type='text/javascript'>alert('Erro.')</script>");

        }else{


            //$resultado_entrar1=mysqli_query($conexion, "SELECT * FROM usuarios WHERE usuario='$usuario_entrar' AND contrasenha='$contra_entrar'");
            $resultado_entrar = $conexion->prepare("SELECT usuario, contrasenha FROM usuarios WHERE usuario=? AND contrasenha=?");
            $resultado_entrar->bind_param("ss", $usuario_entrar, $contra_entrar);
            $resultado_entrar->execute();
            //mysqli_close($resultado_entrar);
            //mysqli_close($conexion);

            $resultado_entrar->store_result();

            if ($resultado_entrar===false){
                die("Error: " . $conexion->connect_error);
            }else{

                $verificacion_entrar = $resultado_entrar->num_rows;


                if($verificacion_entrar>0){

                    header('Location: contenido.php');

                }else{

                    echo("Usuario o contraseña incorrectos.");
                }
            }
        }
    }

It should work. I tried on my machine and it works.