Verify that all conditions in js are met

To respond to what you require would be as follows:

var bandera = true;

if (rfc_emisor == "si") {
        $("#rfc_emisi").prop('checked', true);
    } else {
        $("#rfc_emino").prop('checked', true);
        bandera = false;
    }
    if (nombre_agencia == "si") {
        $("#nombre_agensi").prop('checked', true);
    } else {
        $("#nombre_agenno").prop('checked', true);
        bandera = false;
    }
    if (fecha_operacion == "si") {
        $("#fecha_opersi").prop('checked', true);
    } else {
        $("#fecha_operno").prop('checked', true);
        bandera = false;
    }
    if (serie_vehiculo == "si") {
        $("#seriesi").prop('checked', true);
    } else {
        $("#serieno").prop('checked', true);
        bandera = false;
    }
    if (valor_factura == "si") {
        $("#valorfacsi").prop('checked', true);
    } else {
        $("#valorfacno").prop('checked', true);
        bandera = false;
    }
    if (comprobador == "si") {
        $("#compsi").prop('checked', true);
    } else {
        $("#compno").prop('checked', true);
        bandera = false;
    }

   if(bandera == false){
      alert("lo que requieras mostrar cuando no se cumplen todos tus if...");
   }

I hope it will be useful for you. Greetings.

What do you think of loading all your items by their value, and then checking if any of them is missing, where you will all have some kind of commonality.

$("#rfc_emisi").prop('checked', rfc_emisor == "si");
$("#nombre_agensi").prop('checked', nombre_agencia == "si");
$("#fecha_opersi").prop('checked', fecha_operacion == "si");
$("#seriesi").prop('checked', serie_vehiculo == "si");
$("#valorfacsi").prop('checked', valor_factura == "si");
$("#compsi").prop('checked', comprobador == "si");

if (!$('.checkbox_check').is(':checked')) {
    MandarAlerta();
}